高密的養殖下,一旦系統崩潰、疾病爆發或循環水養殖系統運行的穩定性和系統總水量的平衡、生物濾池的維護、過濾設施的定期清理、合理的投喂策略、適宜的養殖密度以及水質的檢測和疾病的預防都是分不開的。因此,循環水系統的科學有效運行是多學科知識的綜合體現。研究調查發現,很多企業對循環水養殖的原理、水處理設施設備的作用、運行參數等知之甚少,直接影響到系統的運行管理。較高的進入門檻也進一步加大了循環水養殖模式的推廣難度。
我國工廠養殖目前受水處理成本的壓力,仍主要以流水養殖、半封閉循環水養殖為主,真正意義上的全封閉循環水養殖企業較少。流水養殖和半封閉養殖方式產量低(單位水體產量10—15千克/米2·年)、耗能大、效率低,與先進國家技術密集型的循環水養殖系統相比,在系統的循環水率、系統輔助水體的比率等關鍵性能方面基本接近國際水平,在設備、工藝、產量(先進技術的產量達100千克/米2·年以上)和效益等方面,以及生物凈化系統的構建、凈化效率和穩定性、系統集成度、系統穩定性等方面仍存在著一定的差距。
傳統養殖方式如池塘養殖和網箱養殖,存在著占地面積大,適合養殖的地域有限,污染環境,易受地理氣候條件影響,容易因自然災害造成減產等劣勢,其越來越嚴重的環境問題和產品安全性問題,難以實現可持續性發展。與傳統養殖方式相比,循環水養殖生產每單位水產品可以節約50~100倍的土地和160~2600倍的水,比傳統養殖節約90%~99%的水和99%的土地,并且幾乎不污染環境。