20世紀90年代，在淡水養殖方面，隨著經濟的快速發展，全國各地興建了很多水產養殖示范區，建立了一批淡水魚類工廠化循環水養殖系統，但是其經濟性矛盾依然突出。而工廠化循環水苗種繁殖生產系統具有水環境可控、苗種質量高等優點，適應了苗種生產的反季節性、水質條件要求高的特點，并且苗種的單位產值高，使之得到了一定程度的應用。以大菱鲆工廠化流水養殖為代表的海水工廠化養殖的大力推廣，隨之而來的是優質水資源大量耗用，尤其是地下水資源，造成地下水位下降、地陷等諸多問題。“九五”以來，國家有關科研計劃大力支持海水工廠化循環水養殖的研究，并取得了重要的階段性成果。
工廠化循環水養殖系統是以工業化手段主動控制水環境，水資源消耗小、占地少、對環境污染小、產品優質安全、病害少、密度高、養殖生產不受地域或氣候的限制和影響，資源利用率高，是高投入高產出，低風險實現水產養殖業可持續發展的重要途徑。工廠化循環水養殖采取集約化生產方式，減少了人力成本，降低了餌料系數。10%的養殖面積產出百分百的產量，這僅僅是其優勢之一，更加環保的養殖方式，也提高了養殖品種的品質，可以獲得更好的產品售價和經濟效益。消費者對高品質的水產品需求日益增長，傳統養殖方式產出的水產品沒有太多的附加值空間，利潤小，風險高，已經很難適應高端消費者的需求。
在目前的發展水平下，循環水養殖模式較高的準入門檻使得循環水養殖與普通低附加值魚類無緣，而名貴海水魚類可養殖品種有限，限制了循環水養殖模式的發展。近些年來，經過專家學者和眾多的養殖企業的不斷探索，國內循環水養殖品種的豐富度大大提高，如：斑石鯛、墨瑞鱈魚、黃條鰤等。循環水養殖系統既是一個復雜的系統工程，又是一個矛盾的綜合體，因此，不可能存在一種十全十美、適用于所有養殖品種的循環水養殖系統，只要不出現明顯的設計漏洞，系統運行過程中遇到的很多問題，可以通過系統管理技術和養殖技術來解決。