生化模式凈水主要是靠硝化細菌，硝化細菌從無到有這個過程俗稱掛膜。硝化細菌掛膜需要濾材（細菌屋）；硝化細菌屬于好氧細菌，因此需要氧氣；硝化細菌繁殖還需要養分，也就是魚糞。再滿足上訴三個情況下，保持25度水溫，硝化細菌從無到有需要將近35天，15度水溫情況下需要50天或者更久，這個過程叫冷啟動。想快速啟動，可以使用液體硝化細菌，或者添加一些其他已經掛膜的濾材進來進行引菌，這個過程叫熱啟動。海水系統應為高鹽度的問題，自然掛膜時間比淡水系統要長一倍以上，時間也隨鹽度升高而延長。
循環水養殖系統一種新型的養殖模式，也叫工廠化循環水養殖系統、室內循環水養殖系統。是一種通過水處理設備將養殖水凈化處理后再循環利用的一種養殖模式。工廠化循環水養殖系統融入了生物學、工程學、流體力學、環境工程學、信息學等多種學科的知識，是一個多學科，多領域技術交叉，具有較強技術含量的系統。工廠化循環水養殖系統是以工業化手段主動控制水環境。
傳統養殖方式如池塘養殖和網箱養殖，存在著占地面積大，適合養殖的地域有限，污染環境，易受地理氣候條件影響，容易因自然災害造成減產等劣勢，其越來越嚴重的環境問題和產品安全性問題，難以實現可持續性發展。與傳統養殖方式相比，循環水養殖生產每單位水產品可以節約50～100倍的土地和160～2600倍的水，比傳統養殖節約90%～99%的水和99%的土地，并且幾乎不污染環境。